En 1887, en la ciudad de Hamamatsu, Japón; Torakusu Yamaha (1851-1916) fue llamado para arreglar un órgano importado en una escuela. Encantado con la complejidad del instrumento, decidió construir su propia versión. El suceso del proyecto llevó a la fundación de Nippon Gakki Co., Ltd. (Compañía Japonesa de Instrumentos Musicales) en 1897.

Después de la Segunda Guerra Mundial, Nippon Gakki (Yamaha) tenía una maquinaria avanzada y gran experiencia en metalurgia, adquiridos con la producción de hélices para aviones de guerra. En 1953, el entonces presidente de la empresa, Genichi Kawakami, tuvo la visión de usar esa capacidad industrial para un nuevo fin, ingresar al mercado competitivo de las motocicletas.

En 1955, la división de motores fue oficialmente separada como una nueva empresa: la Yamaha Motor Co., Ltd, con el lanzamiento de la moto 125cc “Aka-tombo” (Libélula Roja). Con suceso inmediato, en ventas y competiciones de corrida, se consolidó la decisión de crear una empresa separada y dio inicio a legendaria historia de Yamaha en el mundo de las dos ruedas.

La empresa aprovechó su experiencia en motores y tecnologías de vehículos terrestres para diseñar y producir motores de chorro para embarcaciones de alta velocidad, que evolucionaron hasta convertirse en las motos de agua. Esta diversificación se dio a través de la aplicación de su conocimiento sobre motores de combustión interna a un nuevo medio acuático, aplicando principios similares de aceleración y propulsión, pero adaptados a la hidrodinámica de una turbina de chorro de agua.

El famoso logotipo da Yamaha, con los tres diapasones cruzados, es una herencia directa de su origen musical. El símbolo representa los tres pilares de la música: melodía, armonía e ritmo. Fue adoptado tanto por Yamaha Corporation (instrumentos musicales) como por Yamaha Motor Co. (motores), representando a buscada por la excelencia y por la armonía entre el producto, el cliente y la tecnología en ambos universos.